W wielu przypadkach kontroli rentgenowskiej poddaje się produkty spożywcze już w opakowaniu lub nawet dopiero w opakowaniu. Niezależnie czy inspekcji poddaje się tacki, torby, kartony, woreczki foliowe, saszetki czy pudełka, kontrola produktu zapakowanego daje pewność, że nie dostanie się do niego żadna część mechaniczna z urządzeń na linii produkcyjnej, co stanowi najskuteczniejszą ochronę marki producenta przed reklamacją lub wycofaniem. Również w przypadku, gdy produkt nie jest poddawany zbyt wielu lub zbyt kosztownym procesom uszlachetniającym lub same nie jest szczególnie kosztowny umieszczenie punktu kontroli x-ray produktu dopiero po zapakowaniu może być optymalnym rozwiązaniem.
Kontrola produktu w opakowaniu może być również konieczna ze względu na sposób pakowania, przykładowo drobinki pakowanego produktu mogą się dostać do zamknięcia w postaci np. zgrzewu, powodując nieszczelność oraz generując potencjalne ognisko pleśni lub rozwoju bakterii. Wdrażane przez nas systemy inspekcji rentgenowskiej dla tego zastosowania posiadają specjalnie zwiększoną czułość inspekcji w celu badania tak cienkich elementów plastikowych. Inny przykład zastosowania systemu x-ray to kontrola wypełnienia opakowania. Decyzja na jakim etapie procesu technologicznego produkt powinien przechodzić kontrolę rentgenowską jest podejmowana w kontekście optymalizacji czasu oraz kosztów procesu, a także ze względu na konieczność uzyskania powtarzalności lub obowiązujące wymogi jakościowe.